Sendika, 1987 yılında yine küçük bir apartman dairesinde yeniden kuruldu. Aziz Nesin eski ve yeni başkandı. 80 Askeri Darbesi Anayasası nın antidemokratik yasaları, tüm demokratik örgütlerin ellerini kollarını yine bağlıyordu. Ülke, toplumsal ve kültürel yönden iyiden iyiye gerilemişti. Bu kez, devleti kuşatan köktendincilik, aydınlar üzerinde baskı oluşturmaya başlamıştı. Yazarlar, aydınlar, bilim adamları yeniden namlunun ucundaydı. 80 den önce öldürülen Ümit Doğanay, Bedrettin Cömert, Bedri Karafakioğlu, Ümit Kaftancıoğlu gibi aydınlara 80 den sonra Turan Dursun, Uğur Mumcu, Çetin Emeç, Muammer Aksoy, Bahriye Üçok, Musa Anter, Hrant Dink gibi yazar ve gazeteciler de katıldı. 1993 yılında ülke, tarihinin en büyük toplu kıyımlarından birini yaşadı. İçlerinde Sendika üyesi yazarların da bulunduğu 33 aydın, Anadolu da (Sivas) bir otelde ateşe verildi. 89 yılı Genel Kurulu nda başkanlıktan ayrılan Aziz Nesin güçlükle kurtuldu. Bu kara yangın dan sonra Oktay Akbal (1989-1995) ve Ataol Behramoğlu (1995-1999) yönetimlerindeki Sendika, ülkenin kültürel, toplumsal ve siyasal tarihine karışabilmek için yeni bir yapılanmaya girişti. Merkez, Ataol Behramoğlu nun girişimiyle alınan Beşiktaş Yıldız Sarayı Dış Karakol Binası ndaki yönetim yerine taşındı. Sendika, kültürel ve toplumsal geriliğe karşı çalışmalarını hızlandırdı. Üye sayısını arttırdı. Yazarların özlük haklarının korunması için (telif hakları, sanatçı emekliliği ) uğraştı. Ataol Behramoğlu yönetiminden sonra, Cengiz Bektaş yönetimiyle de (1999-2005) bu çalışmalar sürdürüldü. Sendikaya bir Edebiyat Müzesi-Belgeliği kazandırıldı. 2005 yılından 2011 yılına değin Enver Ercan (2005-2011) başkanlığındaki yönetim de pek çok eylem ve etkinliğe imza attı. Pek çok baskıyla karşılaştı. İktidarın açtığı sendikayı kapatma davaları sürerken genel merkezin ve müze-belgeliğin boşaltılması buyruğuyla da uğraştı. Sonrasındaysa Sendika Genel Merkezi ve Müze-Belgeliği bir gece yarısı kararı yla kapatıldı. Genel Merkez ve belgeler oradan oraya sürüldü durdu. Müze -Belgelik ve TYS arşivi, vandalizmin elinden güçlükle kurtarıldı. TYS Edebiyat Müzesi, Kadıköy e taşındı. Yeni belgelerle zenginleştirildi. 2011 yılında Mustafa Köz başkanlığında göreve gelen yeni yönetim, belgeleri ve genel merkezi korumaya çalışırken öte yandan ülkenin baskılarla, darbelerle yaralanan kültürel-toplumsal kimliğini yenileyebilmek için önceki yönetimlerin bıraktığı çağdaş, devrimci mirası 2019 a kadar taşıdı. Özellikle Gezi Direnişi nde düzenlediği forumlarla ve Barış Susuyoruz adlı sessiz sokak eylemi yle ülkenin siyasal tarihinde önemli bir rol üstlendi.